南京市妇幼保健医院坐落于市中心,占地面积2.02万平方米，总建筑面积10.57万平方米，建筑面积7.5万平方米的妇幼保健中心大楼已于2011年1月投入使用。医院编制床位1000张，现有职工总数1638人，其中高级职称232人，硕士362人，博士58人，硕士生及博士生导师73人。设有16个一级科室，40个二级科室，15个医技科室及其他业务科室，其中腔镜科为卫生部四级妇科内镜手术培训基地，中医科为全国综合医院中医药工作示范单位，产科、产前诊断研究室、新生儿科、妇科、麻醉科、中医科为省级临床重点专科，儿童保健科、妇女保健科、乳腺科、检验科、超声诊断科为市级临床重点专科，妇女保健科、儿童保健科、围产保健科、妇科、产科、新生儿疾病诊断中心、遗传医学中心、辅助生殖医学中心、乳腺病科、宫颈疾病科为省妇幼保健重点学科。南京市妇女保健所、儿童保健所、新生儿疾病筛查中心、南京市妇幼保健计划生育服务中心均设于院内。

    近年，医院先后建成江苏省优生学质控中心、江苏省产前诊断超声影像中心、江苏省新生儿疾病筛查质量控制中心、江苏省省级孕产妇危急重症救治中心、南京市新生儿窒息复苏培训中心，并被批准为南京医科大学儿科学博士研究生培养基地、南京医科大学妇产科学博士研究生培养基地、南京医科大学外科学（普外）博士研究生培养基地、南京市遗传临床医学中心、南京市转化医学中心，江苏省母婴专科护理培训基地、江苏省出生缺陷精准防控研究中心、江苏省住院医师规范化培训基地、江苏省第二批全科医生培养省级示范临床基地、江苏省妇幼保健科研示范基地、江苏省母乳喂养技术培训基地、中华医学会科研信息化培训基地、中华医学会麻醉学分会产科麻醉培训基地、中华医学会围产医学分会围产期优质护理实训基地、生殖医学国家重点实验室队列研究基地、国家药物临床药理研究基地、国家级儿童早期发展示范基地、中国出生缺陷干预救助示范基地，成为全省首批“PAC优质服务医院”之一、国家卫计委第二周期“早产（儿）干预研究”项目实施单位、中国疾病预防控制中心母婴保健质量与安全管理项目试点单位、中国妊娠期糖尿病规范化诊疗合作中心医院。

    医院坚持科技兴院，重视科研发展。2016年度新增科研课题42项，其中国家自然科学基金23项、江苏省自然科学基金5项；获科技类奖17项，其中江苏省卫计委医学新技术进步奖4项、江苏预防医学科技奖2项、江苏省妇幼保健新技术引进奖5项、南京市科学技术进步奖2项、南京市卫计委新技术引进奖4项；发表论文共309篇，其中SCI论文74篇，中华系列论文16篇，核心期刊论文45篇；获批专利与软件著作权42项。